?

Log in

No account? Create an account

Almeida-Neto, Ulrich, 2011
covtoc
basil_yakimov
Almeida-Neto M., Ulrich W., 2011. A straightforward computational approach for measuring nestedness using quantitative matrices // Environmental Modelling & Software. 26: 173–178.
В этой работе авторы предлагают способ применения предложенного ранее индекса вложенности NODF (Almeida-Neto et al., 2008) к количественным данным (когда в матрице стоят не просто нули и единицы, а оценки представленности). Новый индекс обозначается как WNODF (weighted NODF), то есть взвешенный NODF. Суть его построения заключается в том, что при расчете обычного NODF при подсчете парных перекрываний учитывается соотношение представленностей и в зачет идут только такие совпадения, для которых представленность вида в более богатом столбце строго больше представленности в менее богатом столбце (аналогично и с расчетом по рядам).
Адекватность предложенного индекса проверяется на модельных матрицах со вложенностью разного типа и без вложенности. Поведение нового индекса сравнивается с еще одним индексом для количественных данных – WINE, который был предложен в работе Galeano et al., 2009. WNODF хорошо различает различные степени вложенности, тогда как WINE смог отличить только максимально заполненную матрицу. Для невложенных матриц WINE также обнаруживает ту или иную степень вложенности, а для некоторых определяет ее как достоверную (с использованием обычного перестановочного теста). WNODF невложенным матрицам присуждает строгий ноль.
Также в данной работе предложена мера идиосинкратичности столбцов и рядов матрицы как число пар клеток, для которых видовое богатство правого столбца больше богатства левого и при этом представленность в правой ячейке больше представленности в левой (для рядов аналогично).
Презентуется также программа NODF-Program, позволяющая рассчитывать NODF, WNODF, а также матричную температуру и меру несоответствий. Программа также позволяет проводить перестановочный статистический анализ, а также рассчитывает меру идиосинкратичности.
Предложенный индекс мне почему-то не кажется сильно количественным в смысле использования количественных данных по представленностям. Здесь просто накладывается дополнительное ограничение на соотношение представленностей при расчете обычного NODF. В этом смысле это получается никакой не взвешенный NODF, а скорее ограниченный NODF. Каких-то внятных преимуществ по сравнению с обычными индексами такой количественный подход по-моему не дает.